Deze basiliek (mater et caput, ‘moeder en hoofd’ van alle kerken in Rome en elders in de wereld) ♣ is gesticht onder paus Melchias (311-314). Lange tijd gold zij als voorganger van de Sint Pieter, maar was in de late Middeleeuwen een ruïne geworden. Na diverse branden en aardbevingen is de kerk gemoderniseerd door Borromini in de aanloop naar het jubeljaar 1650. Oorspronkelijk is zij gewijd aan de Salvator (de redder, zie het mozaïek uit de 4de eeuw in de apsis), later aan Johannes de Doper en Johannes de Evangelist. Hier zijn de consilies (grote kerkvergaderingen) van 1123, 1139, 1179, 1215 en 1512 gehouden. Bovenop de huidige façade staan vijftien reusachtige beelden van Christus en 14 heiligen (uit 1735). De kleinere deur uiterst rechts wordt alleen in jubeljaren geopend.
Het gebied behoorde in de eerste eeuw na Christus toe aan de familie van de Laterani, maar werd door keizer Nero onteigend, omdat Plautius Lateranus beschuldigd was van deelname aan de samenzwering van Piso (64 na Christus). Pas onder keizer Septimius Severus (eind tweede eeuw) is het gebied weer aan de Laterani teruggegeven. Het was keizer Constantijn die op het terrein van de castra (garnizoen) van de keizerlijke ruitergarde (equites singulares) een paleis liet bouwer, de domus Faustae, genoemd naar zijn tweede vrouw, dat in 313 aan paus Meichias werd overgedragen om er een concilie te houden. Deze eerste basiliek had de afmetingen 56 bij 98 meter en heeft diverse keren te lijden gehad van vernielingen tijdens invallen van barbaarse stammen onder leiding van Alarik (augustus 410) en Genserik (juni 455). Restauraties onder paus Adrianus I (771-795) hebben ervoor gezorgd dat hier in 774 Karel de Grote op waardige wijze kon worden gedoopt.
Aan het begin van de tiende eeuw is de kerk, die in 896 door een ernstige aardbeving was getroffen waarbij het dak naar beneden kwam, nog volledig gerestaureerd door paus Sergius III (904-911), maar in de nacht van 6 mei 1308 sloeg het noodlot weer toe en werd de kerk door brand in de as gelegd. Van de herbouw door paus Clemens V heeft men kort kunnen genieten, want de kerk werd opnieuw getroffen door een aardbeving (in 1349) en een brand (in 1361). Paus Cregorius verkoos in 1377 de Vaticaanse heuvel als woonverblijf en daarmee verloor de Sint Jan van Lateranen zijn positie als pauselijke hoofdresidentie.
Niettemin bleven latere pausen speciale aandacht aan de kerk schenken. Architecten en kunstenaars van faam hebben in de loop van de tijd bijgedragen aan de verfraaiing van de kerk onder wie als een van de belangrijkste Francesco Borromini (l599-1667). Alleen de vloer (cosmatenwerk), het tabernakel en het mozaïek in de apsis zijn uit de middeleeuwse periode bewaard gebleven. De huidige vorm van de dubbele klokkentoren dateert uit de veertiende eeuw (een restauratie na een blikseminslag in 1411), maar is in de kern Romaans. Er is al in het begin van de tiende eeuw een voorganger hiervan geweest.
Bij binnenkomst in de voorhal van de kerk valt meteen links het reusachtige ruiterstandbeeld van keizer Constantijn op. Het gaat om een origineel uit de vierde eeuw dat ooit heeft gestaan in de keizerlijke thermen op het Quirinaal. De centrale toegang wordt gevormd door twee bronzen deuren uit de eerste eeuw vóór Christus die van de Curia (senaatsgebouw) op het Forum Romanum stammen. Het interieur met middenschip en links en rechts telkens twee zijbeuken is het ontwerp van Borromini. In een nis bij elke pilaar is een apostel uitgebeeld (werk van diverse kunstenaars uit de achttiende eeuw). Bij het altaar onder het tabernakel (opgericht in 1367 door Urbanus V) waarop twee halfbeelden (d.w.z. slechts bestand uit torso + hoofd) van Petrus en Paulus zijn geplaatst, mag alleen door de paus een mis worden gehouden. De beelden van Petrus en Paulus zijn relikwieschrijnen en bevatten hun schedels. Onder het altaar zijn fragmenten bewaard gebleven van de houten tafel waarbij volgens de legende de heilige Petrus de mis zou hebben gehouden. In de apsis (met mozaïeken van Jacopo Torriti en Jacopo di Camerino die de triomferende Christus, de heilige Maagd, Johannes de Doper, Petrus en Paulus voorstellen) is de marmeren bisschopszetel (cathedra) geplaatst.
Heel bijzonder is het fragment van een fresco op een pijler aan het begin van de rechter zijbeuk: het enige werk van Giotto di Bondone, de Florentijnse schilder, in Rome (alleen… van Giotto staat niet vast dat hij in Rome heeft gewerkt, wellicht in de jaren 1297-1300). Het stelt paus Bonifatius VIII voor die het heilig jaar van 1300 afkondigt, de allereerste keer dat een jubeljaar werd gehouden. De Corsinikapel links voor in de kerk herbergt de graftombe van paus Clemens XII; de porfieren grafkist is klassiek-Romeins en afkomstig uit het Pantheon.
De kerk herbergt verder de sedia stercoraria (‘kakstoel’ die volgens de berichten heeft gediend als instrument voor de geslachtstest bij het aantreden van nieuwe pausen). Om een indruk te krijgen van de serene rust die een klooster bood in vervlogen tijden, kun je een wandeling maken door de chiostro (kloostergang, op architectuur van Vassalletto en zijn zoon, dertiende eeuw). Opvallend zijn de dubbele rij gedraaide zuiltjes die ooit een prachtige aanblik moeten hebben geboden.